L'Azienda Ospedaliera San Paolo-Polo Universitario dispone di 635 posti letto di degenza di cui 87 in day hospital o day surgery con un bacino d'utenza di circa 500.000 cittadini ed è stato riconosciuto dal Ministero della Salute quale "Ospedale di rilievo Nazionale".

Dal 1987 è Polo Universitario , sede della Facoltà di Medicina, Chirurgia e Odontoiatria ospitando gli insegnamenti del corso di laurea in Medicina e Chirurgia e di Odontoiatria.

L'Ospedale San Paolo fa parte della rete H.P.H. (Health Promoting Hospital) dell'Organizzazione Mondiale della Sanità con progetti di promozione della salute.

Fa parte inoltre del servizio di call center telefonico "Sanità Milano" gratuito per il cittadino, che permette di prenotare visite specialistiche ed esami strumentali presso diverse strutture milanesi con una sola telefonata.

Dal 2000 l'Ospedale ha realizzato la Dipartimentalizzazione delle Unità complementari e quindi tra loro interdipendenti. Il Dipartimento articola le relazioni tra le unità secondo modalità organizzative e gestionali che consentono, mediante regole condivise e funzionali, di raggiungere obiettivi complessi non altrimenti realizzabili, migliorando dunque la qualità tecnico assistenziale, razionalizzando i costi, superando le disfunzioni organizzative, incrementando la ricerca e il collegamento tra didattica e assistenza.

Sono in funzione nove Sale Operatorie munite delle più sofisticate apparecchiature tecnologiche, una Tac Spirale di ultima generazione, moderne apparecchiature per la Risonanza Magnetica e per l'Angiografia digitale.

Nel febbraio 2004 è stato inaugurato il nuovo Blocco Sale Parto che comprende una sala operatoria e cinque sale parto, di cui una dotata di una vasca per il parto in acqua. Il punto nascita rientra nel più ampio Progetto di Umanizzazione in atto al San Paolo, e si distingue, oltre che per le più moderne apparecchiature e tecnologie, per la scelta attenta delle caratteristiche cromatiche delle stanze, le luci soffuse e la diffusione di un piacevole sottofondo musicale.

L'Ospedale San Paolo è inoltre sede dei seguenti Centri di Riferimento Regionale:
- Labiopalatoschisi (Chirurgia Maxillo Facciale): tel. 02.8184.4707
- Infezioni da HIV pediatriche e in gravidanza (Pediatria e Ostetricia e Ginecologia): tel. 02.8184.4534
- Diagnosi prenatale (Ostetricia e Ginecologia): tel. 02.8184.4286
- Fenilchetonuria, Dislipidemie, Glicogenosi e Galattosemia (Pediatria): tel. 02.8184.4370
- Epilessia (Centro Regionale per l'Epilessia): tel. 02.8184.4200
- Retinite pigmentosa (Oculistica): tel. 02.8184.4401 

Al San Paolo lavorano 1788 persone, di cui 361 medici, 661 infermieri, 373 personale di supporto all'assistenza e 393 tecnico/amministrativi.