L'Azienda Ospedaliera San Paolo eroga attività sanitarie prevalentemente di elevata specializzazione, nonché prestazioni di base e di media complessità, e promuove e garantisce attività di ricerca clinica, traslazionale e didattica, mediante l'utilizzo di tecnologie avanzate e di metodologie innovative.

L'Azienda Ospedaliera San Paolo è storicamente e culturalmente radicata: 

• nella cura della donna, del neonato e del bambino (Dipartimento materno-infantile)
• nella diagnosi e cura delle malattie epatologiche, cardiologiche, gastroenterologiche, metaboliche (diabete), nefrologiche, oncologiche, neurologiche, pneumologiche e dermatologiche articolate nei Dipartimenti di Medicina e di Specialità mediche nonché nell'ambito della salute mentale, della psicologia clinica e della neuropsichiatria infantile
• nelle terapie chirurgiche del torace e dell'addome, della patologia oncologica della mammella, maxillo facciali e otorinolaringoiatriche,oculistiche, vascolari, ortopedico-traumatologiche, andro-urologiche articolate nel Dipartimento di Chirurgia e Specialità Chirurgiche
• nell'assistenza medica dedicata ai disabili gravi (Progetto DAMA)
• nella diagnostica avanzata cito-istologica, di biologia molecolare e di Anatomia patologica, di Laboratorio analisi chimico-cliniche e nell'attività di immunoematologia trasfusionale
• nella più moderna diagnostica per immagini e di medicina nucleare
• nel trattamento del cittadino per urgenze ed emergenze cliniche, di pronto soccorso e di rianimazione, di cure intensive
• nell'ambito della riabilitazione

L'Azienda Ospedaliera San Paolo è storicamente Polo Universitario dell'Ateneo milanese pertanto impegnato:

• nella formazione dei medici e nella loro specializzazione in diverse discipline mediche e chirurgiche
• nella formazione di Operatori e Tecnici sanitari e nella loro specializzazione
• nella ricerca e innovazione scientifica e tecnologica
• Le strutture ambulatoriali dell'Azienda, articolate su un ampio ambito metropolitano, forniscono prestazioni sanitarie di 1° livello, atte a contribuire alla riduzione della domanda di ospedalizzazione nella Città garantendo un elevato livello qualitativo assistenziale.

I valori ai quali si orienta tutta l'organizzazione sono:

• la centralità del paziente e il soddisfacimento dei suoi bisogni
• il personale , come bene per garantire al meglio le prestazioni di cui il paziente necessita
• l'innovazione a tutti i livelli, per sostenere i continui cambiamenti in corso nel settore sanitario
• la ricerca della massima efficienza possibile, anche per non gravare con disavanzi economici sul bilancio regionale
• la qualità come attestazione certificata dell'attività e valore intrinseco delle cure prestate
• lo stretto collegamento tra le attività di diagnosi e cura con la didattica universitaria
• la formazione permanente di tutti gli Operatori
• L'Azienda Ospedaliera San Paolo intende inoltre rafforzare il proprio ruolo di riferimento delle aree specialistiche già individuate nella "mission" in stretto collegamento con tutte le realtà ospedaliere di interesse scientifico nazionale ed internazionale in una reale "vision" moderna ed integrata.